Généticien de génie, le professeur John Hammond a recréé de nombreuses espèces de dinosaures à partir d'une goutte de sang prélevée sur un moustique fossilisé. Démiurge naïf et généreux, dépassé par ses propres ambitions, il projette d’ouvrir un gigantesque et terrifiant parc d'attractions. Mais la pureté de son rêve se heurte à la cupidité des hommes et, plus grave, à la violence latente, indomptable de la Nature.
Quatre ans après le terrible fiasco de son Jurassic Park, le milliardaire John Hammond rappelle le Dr Ian Malcolm pour l'informer de son nouveau projet. Sur une île déserte, voisine du parc, vivent en liberté des centaines de dinosaures de toutes tailles et de toutes espèces. Ce sont des descendants des animaux clonés en laboratoire. D'abord réticent, Ian se décide à rejoindre le docteur quand il apprend que sa fiancée fait partie de l'expédition scientifique. Il ignore qu'une autre expédition qui n'a pas les mêmes buts est également en route.
Huit ans après la débâcle d'Ingen, le célèbre paléontologue Alan Grant peine à trouver les fonds nécessaires pour financer ses recherches sur les dinosaures. Paul Kirby et sa femme Amanda, se disent prêts à financer ses travaux à condition qu'il les accompagne dans leur tournée aérienne au-dessus du nouveau site d'Ingen : Isla Sorna. Grant flaire l'entourloupe lorsque l'avion amorce sa descente sur l'île. C'est au cours d'un accident avec une créature géante qu'il réalise alors que les Kirby sont en fait ici pour retrouver leur fils de 14 ans, Eric disparu depuis quelques jours dans cette jungle peuplée de dinosaures.
Le loup-garou a été réveillé par des pilleurs de tombes. L'idée de tuer des innocents les soirs de pleine lune pour l'éternité ne lui plaisant guère, il recherche le Dr Frankenstein pour trouver un moyen de mourir. Mais le docteur est mort, et il ne trouve que sa Créature, qui elle veut vivre...
À la fin du XXe siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
