Marie Suzuki
Marie X
e film montre une chronologie alternative où les relations étroites entre les cavaliers n'existaient pas et l'impact du premier météore a évaporé tous les océans de la Terre. Sept ans après que le météore a frappé la Terre, ZECT fait semblant d'utiliser une comète qui passe pour recharger les océans de la Terre, alors qu'en réalité ils tirent un autre météore pour s'écraser sur Terre, un assez grand pour anéantir toute l'humanité.
Sur une ile, une équipe de scientifiques combat des monstres géants commandes par des entités extraterrestres.
Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...
Les nymphes jumelles de Mothra et les enfants de la ville trouvent une ville perdue, ainsi qu'un monstre géant attiré par les calamités environnementales.
Un nouveau Mothra prend son envol et doit combattre Death Ghidora pour sauver l'humanité.
Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.
47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...