Isamu Alva Dyson est le meilleur pilote de l'UN Spacy, mais aussi le plus indiscipliné. Après une énième confrontation avec son supérieur, celui-ci lui annonce qu'il est retiré des champs de bataille et sera finalement muté comme pilote d'essai sur la planète Eden (2040). Isamu, complètement euphorique à l'idée de piloter le fleuron des nouveaux modèles de chasseur, se rend donc sur Eden où il a vécu étant enfant. Seulement, le pilote du projet concurrent est Guld Goa Bowman, un ami d'enfance d'Isamu avec lequel il est en froid. Au même moment, Myung Fan Long, productrice de la chanteuse virtuelle Sharon Apple et amie d'enfance des deux pilotes, prépare le concert de sa vedette électronique sur Eden. Au fur et à mesure, les vieux souvenirs reviennent, les rancœurs se font violentes, mais surtout, une conscience naît dans l'ombre...
La forteresse SDF-1 revient vers la Terre, poursuivie par des guerriers géants. Au cours d'une attaque, un jeune pilote, Hikaru Ichijô, sauve la célèbre chanteuse Lynn Minmay. Ils se lient d'amitié Hikaru l'emmène au cours d'un vol d'entraînement mais ils se font capturer…
Macross Delta se déroule lors de l'année 2067, 8 ans après les événements de la dernière série TV Macross, Macross Frontier. L'histoire se concentre sur Walküre, une équipe d'idoles talentueuses et pilotes de Valkyrie, ainsi que sur l'escadron Delta, un groupe de pilotes de Valkyrie expérimentés dans leur combat contre le syndrome Var, une entité mystérieuse qui consume la galaxie. Ils devront aussi affronter les mystérieux Chevaliers Aériens, un groupe de pilotes de Valkyrie du Royaume du Vent.
Basara, lors de l'un de ses fréquents voyages à travers la galaxie, se pose sur une planète glacée. Les indigènes lui sont hostiles et le font prisonnier jusqu'à ce qu'il commence à chanter pour eux et qu'un petit garçon nommé Pedro reconnaisse sa voix. Ils libèrent Basara, et presque aussitôt, un étrange gémissement vient des montagnes voisines. Basara et Pedro se rendent dans la valkyrie de Basara pour enquêter sur le bruit. Ils ne savent pas grand-chose, une embuscade les attend.
Un court-métrage projeté en parallèle de Gekijōban Macross Delta: Zettai Live!!!!!!.
Après avoir frôlé l'extinction lors de la guerre contre les Zentradiens, l'humanité a pris conscience de la précarité de son existence et les instances internationales ont décidé de lancer un programme d'expansion et de colonisation spatiale. En 2059, la vingt- cinquième flotte d'expansion, Macross Frontier, continue son voyage à travers l'univers. C'est sur ce méga vaisseau colonisateur que débarque la méga star Sherryl Nome pour s'y produire en concert. Alto, jeune élève pilote de l'académie, offre deux places à son amie Ranka, grande fan de la chanteuse. Alors que toute l'attention de la colonie est tournée vers le concert-évènement, une forme de vie extraterrestre se manifeste non loin de là et menace la quiétude des colons…
La carrière de chanteuse de Ranka est au beau fixe alors que Sheryl voit la sienne dégringoler en même temps que sa santé. Dans l'ombre, les différents camps continuent d'œuvrer afin d'obtenir le contrôle de la horde des Vajras en utilisant le pouvoir du chant des deux chanteuses. Alors que la bataille entre la flotte Macross Frontier et les Vajras reprend, Alto prend enfin sa décision
80 ans ont passé depuis la première guerre impliquant Macross. Les descendants du conflit Zentraedi/Meltrandi ont établi une coalition sur Terre. En 2089, lorsque les Marduks, des renégats Zentraedi menacent cette alliance, la Forteresse Macross doit se régénérer après des générations d'inactivité afin de combattre l'ennemi. Hibiki Kanzaki, journaliste au Scramble News Network (SNN), se retrouve plongé malgré lui en pleine guerre et s'allie avec Ishtar, une énigmatique princesse Zentraedi. Avec l'aide de Silvie Gena, un pilote de Valkyrie, Hibiki part à la rescousse de Ishtar sur le point d'être reprogrammée par les renégats Zentraediens. Sylvie et Hibiki doivent aussi communiquer toute la vérité sur l'invasion et convaincre la puissante force militaire spatiale afin de réactiver la forteresse et défendre la Terre une dernière fois…
Toute la classe se fait aspirer par un portail de téléportation et se retrouve éparpillée dans un monde inconnu et très peu peuplé. La quête pour trouver le moyen de rentrer chez soi peut commencer (encore).
