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Planète Terre, futur indéterminé. Choisi à la naissance pour ses qualités physiques et intellectuelles, un humain devient, à force d'entraînement, le prototype du soldat apte à protéger la société. Mais la génération dont est issu le soldat (le sergent Todd) est bientôt remplacée par une nouvelle. Todd ne se résigne pas à disparaître et organise la résistance contre ces soldats d'un nouveau genre qui menacent l'équilibre même de la planète.

Après une mystérieuse absence de 8 ans, David Freeman, un jeune garçon, réapparait, sans avoir pourtant vielli d'une année. Les agents chargés de l'enquête découvrent que David était, au moment de sa disparition, à bord d'un vaisseau spatial contrôlé par des extra-terrestres ...

Les Muppets vivent tous dans une grande maison, ce qui n'est pas sans bousculade le matin. Gonzo a des états d'âme et souvent le même rêve nocturne. Il ne connaît personne qui lui ressemble puisque qu'il « n'y en a qu'un des comme lui », et même son vieil ami Rizzo le rat ne parvient plus à le faire sourire. Quand il découvre de mystérieux messages extra-terrestres, Gonzo entrevoit le début d'une réponse. Il va tenter de communiquer avec les auteurs de ces messages. Mais c'est compter sans le machiavélique K. Edgar Singer, patron de l'agence gouvernementale, qui veut l'utiliser afin de capturer des extra-terrestres.