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Abandonné à la naissance à cause de sa difformité, le surdoué et richissime héritier Oswald Cobblepot grandit dans les égouts de Gotham City parmi une troupe de saltimbanques et se fait appeler « Le Pingouin ». Des années plus tard, il s'associe à l'homme d'affaires Max Shreck pour corrompre les habitants de Gotham et devenir maire. Le justicier masqué Batman, alias Bruce Wayne, tente de les arrêter. Entretemps, Selina Kyle, timide secrétaire effacée travaillant pour Shreck, découvre la preuve des intentions peu louables de son patron. Ce dernier tente de l'assassiner. Selina jure d'obtenir vengeance…

Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.

Le scientifique Bruce Banner cherche désespérément un antidote aux radiations gamma qui ont créé Hulk. Il vit dans l'ombre, toujours amoureux de la belle Betty Ross et parcourt la planète à la recherche d'un remède. La force destructrice de Hulk attire le Général Thunderbolt Ross et son bras droit Blonsky qui rêvent de l'utiliser à des fins militaires. Ils tentent de développer un sérum pour créer des soldats surpuissants. De retour aux États-Unis, Bruce Banner se découvre un nouvel ennemi. Après avoir essayé le sérum expérimental, Blonsky est devenu L'Abomination, un monstre incontrôlable dont la force pure est même supérieure à celle de Hulk. Devenu fou, il s'est transformé en plein cœur de New York. Pour sauver la ville de la destruction totale, Bruce Banner va devoir faire appel au monstre qui sommeille en lui...

Tony Stark, inventeur de génie, vendeur d'armes et playboy milliardaire, est kidnappé. Forcé par ses ravisseurs de fabriquer une arme redoutable, il construit en secret une armure high-tech révolutionnaire qu'il utilise pour s'échapper. Comprenant la puissance de cette armure, il décide de l'améliorer et de l'utiliser pour faire régner la justice et protéger les innocents.

1941, la Seconde Guerre Mondiale fait rage. Après avoir tenté vainement de s'engager dans l'armée pour se battre aux côtés des Alliés, Steve Rogers, frêle et timide, se porte volontaire pour participer à un programme expérimental qui va le transformer en un Super Soldat connu sous le nom de Captain America. Sous le commandement du colonel Chester Phillips, il s'apprête à affronter HYDRA, l'organisation scientifique secrète des nazis dirigée par le redoutable Crâne Rouge, aux côtés de Bucky Barnes et Peggy Carter...