Plusieurs différentes factions s'affrontent à la recherche d'anciennes tablettes japonaises qui ont le secret de l'immortalité.
David Scott King
Urbane
Michi McGee
Jane English
Gerald Okamura
Master
John Henry Richardson
Mueller
Craig Ng
Takeda / Akira
Chet Hood
Agent #1
Jack Vogel
Agent #2
Beano
Freddie Delago
Allen Tombello
Lab Technician
Sean Holton
Agent #4
Troy Fromin
Ox
Billy Frank
Agent #5
En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Au XVIe siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.
Au Japon, au XIXe siècle, Zatoichi est un voyageur aveugle gagnant sa vie comme joueur professionnel et masseur. Mais derrière son humble apparence, il est un redoutable combattant, rapide comme l'éclair et dont les coups s'avèrent d'une stupéfiante précision. Alors qu'il traverse la montagne, il découvre une petite ville entièrement sous la coupe d'un gang. Son chef, Ginzo, se débarrasse de tous ceux qui osent se dresser sur son chemin, d'autant plus efficacement qu'il a engagé un redoutable samouraï ronin, Hattori. Dans un tripot, Zatoichi rencontre deux geishas, aussi dangereuses que belles. Okinu et sa sœur Osei vont de ville en ville à la recherche du meurtrier de leurs parents. Elles possèdent pour seul indice un nom mystérieux : Kuchinawa. Dès que les hommes de main de Ginzo croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable et sa légendaire canne-épée rentre en action.
Le puissant seigneur Yagyu est prêt à tous les sacrifices pour maintenir au pouvoir le shogun que l'on veut évincer pour raisons de santé; même à faire assassiner son propre fils.
Ne s'étant jamais remis du massacre qui a coûté la vie à sa femme et à sa fille, Blind Wolf refait surface dans sa ville d'origine. Malgré sa cécité, il est déterminé à faire payer le responsable de ces meurtres mais doit aussi se défaire des chasseurs de prime à ses trousses.
Se déroulant dans le Kyoto du XVe siècle déchiré par la guerre, à la veille de la guerre d'Onin, le film met en scène une bande de hors-la-loi menée par Hyoe, un scélérat dont les talents mortels à l'épée le placent à la tête d'une révolte sanglante contre le shogunat corrompu et son armée, dirigée par Doken, son ancien ami devenu son ennemi juré.