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Jimmy Tong travaille comme chauffeur de taxi dans la grande ville de New York. Un jour, il a pour passager le millionnaire Clark Devlin, également agent secret. Ce dernier engage Jimmy comme chauffeur personnel à une condition : que celui-ci ne touche jamais à son smoking.

Pour Edward Wilson, seul témoin du suicide de son père et membre de la Skull and Bones Society à l'Université de Yale, l'honneur et la discrétion sont des valeurs primordiales. Ce sont ces qualités qui poussent la CIA, l'agence gouvernementale qui vient d'être créée, à le recruter. Influencé par l'ambiance paranoïaque que provoque la guerre froide dans toute l'agence, Wilson se montre de plus en plus suspicieux. Son pouvoir grandit, mais il a de moins en moins confiance en ceux qui l'entourent. Son obsession du travail va lui coûter cher, l'isolant chaque jour un peu plus de ses proches et de celui qu'il était…

Soviétiques défauts KGB général Marenkov aux Américains et ensemble avec son gestionnaire CIA Harry Wargrave ils planifient une opération destinée à révéler les agents du KGB en Europe.

Dans la Grèce contemporaine, les forces libérales s'opposent, de façon latente ou ouverte, au pouvoir. C'est dans ce climat tendu que débute le film, au moment où un groupe d'avocats et de militants libéraux ont organisé un meeting où parlera leur chef, le député Z.

Jason Bourne vit tranquillement maintenant. Mais le département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer. La traque recommence : Moscou, Paris, Madrid, Londres, Tanger et New York.

Jerry Fletcher, chauffeur de taxi, est hanté par des visions fugaces et effrayantes. Sillonnant les rues de New York, il entretient ses clients d'obscurs complots connus de lui seul. Tout le monde le prend pour un paranoïaque. Seule Alice, jeune procureur au ministère de la justice, qui vit en recluse depuis l'assassinat de son père, accepte de l’écouter.

Lors d’une intervention de routine, un policier assiste impuissant à l’agression de son co-équipier. Son enquête pour retrouver le coupable va l’amener à parcourir l’Europe pour retrouver la trace d’un mystérieux terroriste qui entretient des relations ambiguës avec la CIA. Dans l’ombre des démocraties, une guerre silencieuse fait rage.