Des années après une retraite bien méritée d'une formidable vie de ninjas, une famille dysfonctionnelle doit reprendre du service pour faire face à une série de menaces.
L'histoire se déroule à Tokyo, dans un monde alternatif. On y suit les aventures de Tokunana, une unité spéciale de la police chargée de lutter contre Nine, une organisation qui commet des crimes au nom d'un culte antique basé sur la croyances des dragons.
Un jour, en rentrant de l'école, Konoha Koga sauve Satoko Kusagakure, une ninja qui s'est échappée de son village. Très vite, des poursuivants à la recherche de Satoko se présentent, mais Konoha s'en débarrasse habilement. Il s'avère que cette lycéenne d'apparence ordinaire est en fait un assassin. Ainsi commence une drôle de cohabitation entre une ninja et une tueuse !
Transformés en ninjas, les amis Wesley et Georgie accompagnés de Bretzel, leur drôle de chat, s'aventurent dans un monde magique pour résoudre tous les problèmes.
Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l'organisation Akatsuki à son encontre...
Quatre petites tortues exposées à des produits radioactifs dans les égoûts de New York ont muté et deviennent des créatures intelligentes. Entraînées aux art-martiaux par leur maître Splinter, les Tortues Ninjas sortent la nuit, pour faire regner la justice. Une nouvelle menace nommée Dragon Lord arrive et les oblige à intervenir.
Les Tortues Ninja sont quatre petites tortues qui deviennent humanoïdes, à la suite d'un contact avec une étrange substance chimique rose, le mutagène. Splinter, un maître en arts martiaux transformé en rat à la suite d'une mutation similaire, va les accueillir dans les égouts de la ville de New York et leur enseigner le Ninjutsu, l'art des ninjas. Ils vont ensuite faire la rencontre d'une journaliste nommée April O'Neil, qui va les aider à lutter contre la bande de Shredder, un méchant qui se cache derrière un masque de fer.
Une école de ninjas, nommée Shuriken School, est rivale de l'école Katana. La série raconte les aventures de trois de ses élèves : Eizan, Okuni et Jimmy, défendant leur école face aux différents problèmes que celle-ci rencontre.
Ils sont six, sont en apprentissage chez un grand maître Ninja et ne sont encore que des enfants… On les appelle les Mini-Ninjas! Ils ont pour mission de libérer les animaux transformés en samouraïs par le terrible seigneur de la guerre, Ashida et de protéger leur pays sous les nuages.
Durant l'ère Meiji, le Japon a ouvert ses portes vers l'extérieur. Suite à la modernisation, le gouvernement décida d'interdire le port de sabre empêchant alors aux saumurais de continuer à se consacrer à leur art. Ceux qui se révoltèrent contre cette loi furent enfermés dans la prison Gokumanjo, spécialement conçue pour éviter tout débordement. Afin de s'assurer que les criminels ne puissent s’enfuir durant le trajet, les frères Kumoh sont chargés de les escorter vers cette prison. Le deuxième fils, Soramaru, essaie chaque jour de se rapprocher un peu plus du niveau de son frère qu'il admire. Toutefois, afin de le protéger, ce dernier semble lui cacher de nombreuses vérités sur leur passé ainsi que sur sa réelle motivation.
