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Renvoyée de l'école et exilée en Australie, une ado new-yorkaise rebelle fait des vagues dans l'entourage proche d'un jeune surfeur, créant la pagaille dans son sillage.

Sur le domaine Karasumori a été construit un collège où étudient deux jeunes Kekkaishi (maitres de Kekkai, sorte de champ de force) amis depuis leur enfance. Ce domaine, où vivait le seigneur Karasumori il y a 400 ans, a la particularité d'attirer les entités et de leur donner de nouveaux pouvoirs... Yoshimori et Tokine sont les descendants de l'exorciste qui a été appelé il y a très longtemps pour combattre les âmes. Le but secret de Yoshimori est de sceller à jamais le domaine Karasumori afin d'éviter tout autre danger.

Dans la Chine de la dynastie Tang, l'Empereur combat des eunuques puissants menés par Qiu Shi Liang. Après une tentative d'assassinat manquée, les eunuques massacrent la famille d'un ministre loyal, mais ses jumelles Cheng Ruo Yun et Qiu Yan Zhi survivent. Yan Zhi cherche à se venger en intégrant le foyer de Qiu Shi Liang, tandis que Ruo Yun s'allie au jeune Empereur Li Yan, qui ambitionne d'éliminer l'influence des eunuques. Alors que Ruo Yun et l'Empereur se rapprochent, leur romance naissante est menacée par sa connexion secrète avec son ennemi. Sa véritable identité parviendra-t-elle à détruire leur relation ?

En 1402, Zhu Di usurpe le pouvoir de son neveu l'empereur Jingwen et devient lui-même empereur dans la rebellion Jingnan qui sera l'un des plus grands massacres de Ming. La famille de Sun Ruowei meurt justement dans cette rébellion et celle-ci jure alors de se venger de l'empereur. Adulte, elle rencontre Zhu Zhanji, le petit-fils de l'empereur Zhu Di et fils du prince héritier.